馬祖的開發最早始於元朝，因距離大陸不遠為大陸漁民出海捕漁時休憩避風之所，明末清初期間當地為倭寇所盤據。到了清朝初期才又有福州沿海漁民移居此地，並逐漸形成具血緣關係的村落，其中以陳、林、曹、王、劉為大姓族群。到了今日，南竿為馬祖地區第一大島和人口最集中地區，為連江縣縣治所在是馬祖的政經文教中心。
　    馬祖地區的風土民情承襲於大陸福建閩東地區，當地語言為福州話（長樂口音居多），當地人多稱為「平話」或「馬祖話」。馬祖因四周環海又多風，當地居民多利用花崗岩塊，沿著山坡地興建，其結構多為方正雙層獨棟建築，窗戶小開於高處，窗櫺以石條為骨架，屋脊為曲線造型如火焰燃燒般的「封火山牆」，屋頂以紅或灰瓦覆蓋並於接縫處壓上石頭，以防強烈海風吹刮侵襲。部分房屋受到南洋的歐式建築影響，俗稱「洋樓」或「蕃囝搭」。
         大陸易手後，馬祖進入近40餘年之戰地政務與軍事相關管制，所有皆劃為軍事重地。隨處可見結構複雜的軍事建築、鬼斧神工的地下坑道及港口、據點、砲座、訓練場所、軍醫院等軍事設施，深具獨特戰地風光。自1992年11月7日起正式解除戰地政務後，軍方已陸續開放不同類型之軍事觀光資源，交由連江縣政府與國家風景區管理處經營供遊客參訪。

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