馬祖地質大半以花崗岩為主，無人島礁眾多，各島嶼面積狹小，地形多丘陵，崎嶇不平。惟因臨近中國大陸，及特殊的地理位置，使其成為東亞候鳥遷移的中繼站，每年有成千上萬的鳥類在此過境、渡冬或繁殖。本縣東引鄉之雙子礁，北竿鄉三連嶼、中島、鐵尖島、白廟、進嶼，南竿鄉瀏泉礁，莒光鄉蛇山等八座島礁，為孤立於各鄉外之無人島嶼，附近海域漁產豐富，平時除漁民前往捕魚、撿食海產外，人跡罕至，造就為珍貴海鳥聚集繁殖地。

為維護列島自然生態及保護海鳥棲息環境，故將其劃設為海鳥保護區加強管理措施，於民國88年12月24日公告為國內第十二處野生動物保護區，以保育馬祖列島海鳥景觀資源。

保護區島嶼

1. 鐵尖：主要棲息鳥種：紅燕鷗、蒼燕鷗、鳳頭燕鷗。
2. 中島：主要棲息鳥種：白眉燕鷗、蒼燕鷗、鳳頭燕鷗。
3. 進嶼：主要棲息鳥種：白眉燕鷗、紅燕鷗、蒼燕鷗。
4. 白廟：主要棲息鳥類：白眉燕鷗、紅燕鷗、蒼燕鷗、鳳頭燕鷗。
5. 雙子礁：主要棲息鳥類：白眉燕鷗、蒼燕鷗、黑尾鷗。
6. 三連嶼：主要棲息鳥種：白眉燕鷗、蒼燕鷗。
7. 瀏泉礁：主要棲息鳥種：白眉燕鷗、蒼燕鷗、鳳頭燕鷗。
8. 蛇山：主要棲息鳥種：白眉燕鷗、紅燕鷗、蒼燕鷗。

以上各保護區島礁低潮線向海延伸100公尺內之海域部分馬祖發展觀光事業，勢必帶動大量人潮湧入，為避免干擾海鳥行為，劃設低潮線向海延伸100公尺內為緩衝區，每年4月至9月燕鷗繁殖季節，禁止進入，以管制各種可能干擾產生。

鳳頭燕鷗

身長45公分，夏候鳥。捕魚為食，頭頂黑色羽毛延伸至後頭成冠羽狀，似留著龐克頭戴頂黑帽子，嘴黃色、背部灰色、餘為白色，是保護區內數量第二多的燕鷗，有集體營巢的習性，一窩生一個蛋。

黑嘴端鳳頭燕鷗

體長約 38 公分，羽色為淺灰色，具醒目的黑色鳳頭，喙部黃色而先端三分之一為黑色，最尖端部分為白色，因此有黑嘴端鳳頭燕鷗之稱。黑嘴端鳳頭燕鷗為全球最瀕危的100個物種之一 ，已逾百年未出現，在1999年與2000年於馬祖中島發現4成鳥和4頭雛鳥，震驚全球鳥界。

蒼燕鷗

身長30公分，夏候鳥，嘴、腳黑色，眉線從眼後至後頭為黑色，似綁著一條黑色頭巾，背部淡水藍色，餘為雪白色，繁殖季初期胸前為淡玫瑰色。將蛋直接下於岩石或地上，一窩生三個蛋，於各島普遍可見，但數量不多，為珍貴稀有保育類野生動物。

白眉燕鷗

身長36公分，夏候鳥。捕魚為食，白色的眉線為其特徵，頭頂、背部、尾上覆羽為黑褐色，餘為白色，除進嶼外各島嶼均有為數不少的繁殖族群，是保護區內數量最多的，喜將蛋下於隱密的草叢內，一窩生一個蛋。為珍貴稀有保護類野生動物。

黑尾鷗

身長47公分，雄鳥體型較雌鳥大，嘴黃色、尖端紅色、兩色間雜有黑斑，腳黃色，背部深鼠灰色，尾羽末端黑色，餘為白色。亞成鳥嘴腳粉紅肉色，全身大致為暗褐色，腰白色，尾黑色。馬祖四鄉五島冬天均可看到，惟東引幾乎整年可見，但不是留鳥，分有度冬、過境及夏候鳥族群。繁殖族群於四月底、五月初到來，隨即展開求偶行為。築巢於懸崖峭壁上，一窩生三個蛋。目前所知東引為黑尾鷗最南的繁殖地。

紅燕鷗

身長31公分，夏候鳥，族群數量不確定，腳為紅色，繁殖季初期嘴黑色、嘴基紅色，然後會往嘴尖慢慢蛻變為紅色，頭頂黑色，背部淡灰色、餘為白色，繁殖季初期胸前為淡玫瑰色。將蛋直接下在地上，一窩生三個蛋，常垂直俯衝而下捕魚，紅燕鷗是全世界被列為瀕臨絕種的鳥類。不多，為珍貴稀有保育類野生動物。