馬祖地區原先鳥類記錄資料非常貧乏，只有少數服役馬祖愛鳥軍人所做的零星調查，但自民國85年7月起連江縣政府農改場與中華民國野鳥學會合作，開始從事馬祖地區野鳥調查研究工作，根據兩年來的調查結果顯示，馬祖地區的鳥類有19目42科234種，其中留鳥20種、冬候鳥54種、夏候鳥14種、過境鳥146種，顯示馬祖地區鳥類的組成，遷移性的候鳥是其主要的種類。

Little Buting 身長13公分，補遍過境鳥。喜潔群棲息于平地、開闊草原及農耕地帶覓食昆蟲、禾本科草籽。	Eastern Sand Plover身長24公分，不普遍過境鳥。常出現在開闊草地、農耕地帶，成小群奔跑覓食地上昆蟲。
Red-throated Loon 身長63公分，稀有冬候鳥。喜棲息於沿岸附近海灘及水庫中，善潛水游泳，遇危險會快速潛入水中而逃。	Common Stonechat 身長13公分，普遍春秋過境鳥。喜單獨或小群出現在空曠林緣、農耕地、水塘附近突出物上。
Chestnut Bunting 身長14公分，普遍過境鳥。常出現在平地草原、農耕地帶。以昆蟲及植物草籽為食。	Common Buzzard 身長54公分，普遍冬候鳥。保育類。喜在上升氣流處翱翔、追逐，軍民常稱為「定風鳥」。
Hoopoe 身長28公分，普遍過境鳥及稀有冬候鳥。獨特外貌讓人印象深刻，喜單獨出現於農耕地、半開墾林地，啄食地上、樹幹昆蟲。
	Broad-billed Roller 身長27公分，普遍過境鳥。它有個乳名叫「三寶鳥」。喜成小群出現水庫附近電線、樹林間，飛捕金龜、蜻蜓等各種昆蟲。