馬祖燕鷗面臨最大的威脅 1. 大陸漁船大肆非法炸魚，使海洋魚類資源減少，造成每年四月燕鷗來馬祖繁殖期間，找不到食物可以生存下去。 2. 大陸漁民因生活困苦，經常趁捕魚之便，登陸一些燕鷗繁殖的島礁，撿取鳥蛋加以食用，使燕鷗的繁殖成功率大減 3. 駐守馬祖的國軍們，進行火砲射擊研習時，均以海上無人島礁為練習目標，造成燕鷗驚嚇過度，無法繼續留在馬祖繁殖。

解決之道

1.行政院農委會既已在馬祖成立中華民國第十二處野生動物保護區，也應在此成立專責的保護單位，如此才能落實野生動物的保育工作。

2.海巡署應專案投入馬祖列島燕鷗保護區驅離大陸漁船工作，限制大陸漁民不得進入保護區島礁100公尺範圍之內，更別想上岸採集珍稀植物及撿拾鳥蛋，周邊海域之漁撈作業也應加以管制。

3.由連江縣政府與海基會去函大陸福建沿海長樂、羅源、連江三縣，協助馬祖保護燕鷗棲地，甚至可以召開兩岸保護燕鷗會議，共同維護兩岸資源。

4.呼籲駐守在馬祖的國軍們停止對海上無人島礁實施火砲射擊，以海上活靶替代，91年1月已獲得馬祖防衛司令部同意，並積極加緊改善中。另外在每年4月至9月燕鷗繁殖期間，應全面停止火砲射擊，以免驚嚇到燕鷗。