三、分區規劃與保護利用管制事項
野生動物保護區內依其保育目標、自然環境、動物資源、土地使用及所有權屬等之分布現狀及特性予以適當分區，並訂定共同及各區特別之保護利用管制事項，以為保育管理之依據。
A.分區規劃：
保護區內各島嶼均為無人島礁，然為因應島礁周邊海域炸魚、濫捕行為及觀光事業蓬勃後人為干擾等，特規劃核心區及緩衝區如下：
1.核心區：
各保護區陸域部份：雙子礁、三連嶼、中島、鐵尖島、白廟、進嶼、瀏泉礁、蛇山等島嶼，均為無人島礁，附近海域魚產豐富，大陸及地區漁船作業頻繁，為防止人為干擾，破壞並維護海島及自然生態資源，劃設上述島嶼為核心區，始得依野生動物保育法之規定，訂定保護利用管制事項，並得實施各項保育管理計畫。
2.緩衝區：
各保護區島礁低潮線向海延伸100公尺內之海域部分馬祖發展觀光事業，勢必帶動大量人潮湧入，為避免干擾海鳥行為，劃設低潮線向海延伸100公尺內為緩衝區，以管制各種可能干擾產生。
B.管制事項：
(1)共同管制事項：
1.禁止捕獵、宰殺、騷擾、虐待一般類與保育類野生動物鳥類或撿拾、破壞鳥蛋等行為。
2.禁止各種開發、建設、疏浚、探採礦、採取土石、採集或砍伐植物、或其他破壞自然生態等行為。但在不破壞野生動物棲息地及影響野生動物棲息情況下，主管機關得設置必要之保育維護及解說設施。
(2)核心區特別管制事項：
1.全年嚴禁民眾攀登或進入核心區，但為學術研究或自然教育目的者不在此限，惟需先向主管機關申請許可後，始得為之。
2.非燕鷗繁殖季(每年十月至翌年三月)，漁民得登岸採擷貝類或海(紫)菜，但不得違反本保護區保護利用管制事項(共同、緩衝區及其他保護利用管制事項)。
3.緩衝區特別管理事項：緩衝區內嚴禁按鳴喇叭、放煙砲、餵飼海鳥或其他干擾海鳥之行為。
4.其他管制事項：其他依野生動物防治法及漁業法等之規定事項。

四、保育目標
1.訂定保護措施、公告管制事項以加強管理，防止人為破壞海鳥生態環境，維護馬祖列島特有海鳥自然景觀資源。
2.委託學術研究單位或保育團體，進行馬祖生態環境及海鳥棲地特性之研究探討，建立基礎資料，俾作為保護區管理之參考，並增進國人對燕鷗生態、習性之瞭解，進而建立保育之共識。
紀錄中在各列島上繁殖的鳥類計有白眉燕鷗、鳳頭燕鷗、紅燕鷗、蒼燕鷗、黑尾鷗、岩鷺、叉尾雨燕等七種，其中黑尾鷗繁殖紀錄為全國獨一無二珍貴無比,此外更有稀有鳥類如紅喉潛鳥、大水鴙鳥、穴鳥、短尾水雉鳥、丹氏鷺鶿、黑頸鷿鵜、海秋沙、唐白鷺等均有在島礁上停留紀錄。

五、保護區野生動物現況
馬祖野鳥基礎調查記錄資料，在八十五年以前只有零星少數幾筆，在八十五年九月以後才正式委請中華民國野鳥學會進行為期兩年多的野外調查，資料顯示，在保護區各島嶼上棲息的鳥種有15科30種(不含秋過境及冬候鳥，秋冬季因東北季風強勁，海浪洶湧，無法做海上調查〉，其中以夏候鳥在島嶼上繁殖的燕歐數量最多，根據老漁民的說法，其數量在50─70年代曾高達數萬隻，然而長期軍方砲擊及漁民濫拾鳥蛋結果，致使島上海鳥數量遽減〈在莒光蛇山、東引、雙子礁有白眉燕歐大量死亡調查紀錄〉。
近兩年來在列島繁殖的燕歐群數約在9000隻左右，其數量與密度不亞於澎湖貓嶼海鳥保護區，其中白眉燕鷗、蒼燕鷗為保育類鳥種，紅燕鷗被列為全世界瀕臨絕種鳥種，鳳頭燕鷗數量更是全國之冠，如此珍貴鳥類資源，尤應國人加強重視保育管理。

六、主要鳥種
1.鳳頭燕鷗
身長45公分，夏候鳥。捕魚為食，頭頂黑色羽毛延伸至後頭成冠羽狀，似留著龐克頭戴頂黑帽子，嘴黃色、背部灰色、餘為白色，是保護區內數量第二多的燕鷗，有集體營巢的習性，一窩生一個蛋。
2.蒼燕鷗
身長30公分，夏候鳥，嘴、腳黑色，眉線從眼後至後頭為黑色，似綁著一條黑色頭巾，背部淡水藍色，餘為雪白色，繁殖季初期胸前為淡玫瑰色。將蛋直接下於岩石或地上，一窩生三個蛋，於各島普遍可見，但數量不多，為珍貴稀有保育類野生動物。
3.白眉燕鷗
身長36公分，夏候鳥。捕魚為食，白色的眉線為其特徵，頭頂、背部、尾上覆羽為黑褐色，餘為白色，除進嶼外各島嶼均有為數不少的繁殖族群，是保護區內數量最多的，喜將蛋下於隱密的草叢內，一窩生一個蛋。為珍貴稀有保護類野生動物。
4.黑尾鷗
身長47公分，雄鳥體型較雌鳥大，嘴黃色、尖端紅色、兩色間雜有黑斑，腳黃色，背部深鼠灰色，尾羽末端黑色，餘為白色。亞成鳥嘴腳粉紅肉色，全身大致為暗褐色，腰白色，尾黑色。馬祖四鄉五島冬天均可看到，惟東引幾乎整年可見，但不是留鳥，分有度冬、過境及夏候鳥族群。繁殖族群於四月底、五月初到來，隨即展開求偶行為。築巢於懸崖峭壁上，一窩生三個蛋。目前所知東引為黑尾鷗最南的繁殖地。
5.紅燕鷗
身長31公分，夏候鳥，族群數量不確定，腳為紅色，繁殖季初期嘴黑色、嘴基紅色，然後會往嘴尖慢慢蛻變為紅色，頭頂黑色，背部淡灰色、餘為白色，繁殖季初期胸前為淡玫瑰色。將蛋直接下在地上，一窩生三個蛋，常垂直俯衝而下捕魚，紅燕鷗是全世界被列為瀕臨絕種的鳥類。

七、保護區環境現況
馬祖列島位於世界三大漁產之一，即舟山群島西南端一帶。漁場海底係我國大陸棚地，水淺而傾度緩慢平坦，又居暖寒海流南北相匯之銜，故漁場豐饒，海中資源可謂取之不竭，充分供應海鳥食物來源。保護區各島嶼面積狹小，崎嶇不平，除終年覆蓋原生植物外，皆為裸露岩塊，島嶼上盛產海芙蓉、各類海螺、筆架等海產，其植物相豐富，以菊科、蕃杏科為主。