身長36公分，夏候鳥。捕魚為食，白色的眉線為其特徵，頭頂、背部、尾上覆羽為黑褐色，餘為白色，除進嶼外各島嶼均有為數不少的繁殖族群，是保護區內數量最多的，喜將蛋下於隱密的草叢內，一窩生一個蛋。為珍貴稀有保護類野生動物。

白眉燕鷗的特徵是牠白色的額頭與眉線，從正面看好像牠頭上帶著代表勝利的V字形花紋。馬祖列島燕鷗保護區的每個島上和蒼燕鷗一樣，也幾乎都有牠們的蹤跡，但在總數量上，卻是保護區中最多的一種。

身長31公分，夏候鳥，族群數量不確定，腳為紅色，繁殖季初期嘴黑色、嘴基紅色，然後會往嘴尖慢慢蛻變為紅色，頭頂黑色，背部淡灰色、餘為白色，繁殖季初期胸前為淡玫瑰色。將蛋直接下在地上，一窩生三個蛋，常垂直俯衝而下捕魚，紅燕鷗是全世界被列為瀕臨絕種的鳥類。

紅燕鷗又稱為粉紅燕鷗，因為這種鳥繁殖期胸前及腹部的羽毛是淡粉紅色的。在繁殖季初期牠們的嘴是黑色的，之後會慢慢變成紅色。紅燕鷗在國內雖然未能受到法律的保護，但在國際上卻被認為是容易受威脅的保育類鳥類。紅燕鷗每年來馬祖列島繁殖的族群數量極不穩定，民國86年數量超過3000隻，民國87年，島上卻不再有紅燕鷗繁殖的紀錄。民國88年只有2隻的觀察記錄，民國89年有較多的發現記錄，估計數量約有1000隻。

身長47公分，雄鳥體型較雌鳥大，嘴黃色、尖端紅色、兩色間雜有黑斑，腳黃色，背部深鼠灰色，尾羽末端黑色，餘為白色。亞成鳥嘴腳粉紅肉色，全身大致為暗褐色，腰白色，尾黑色。馬祖四鄉五島冬天均可看到，惟東引幾乎整年可見，但不是留鳥，分有度冬、過境及夏候鳥族群。繁殖族群於四月底、五月初到來，隨即展開求偶行為。築巢於懸崖峭壁上，一窩生三個蛋。

黑尾鷗在台灣為不普遍的冬候鳥，但在馬祖列島最北的的東引鄉，幾乎整年都可以看見黑尾鷗的蹤跡，到了四月氣溫開始回暖時，上千隻過境族群則會在中柱港及外圍海域聚集，東引鄉的海域提供了牠們最好及補充體力的場所，他們來東引的主要目的，就是繁衍下一代。在東引繁殖的燕尾鷗族群是國內唯一的，也是目前所知在世界上繁殖位置最南的族群。

身長45公分，夏候鳥。捕魚為食，頭頂黑色羽毛延伸至後頭成冠羽狀，似留著龐克頭戴頂黑帽子，嘴黃色、背部灰色、餘為白色，是保護區內數量第二多的燕鷗，有集體營巢的習性，一窩生一個蛋。

鳳頭燕鷗是燕鷗屬鳥類中體型較大的一種，身長有45公分，牠最明顯的特徵就是頭部那可以豎起的黑色冠羽，像是一個時髦的龐克頭，是牠們最引人注目的地方。馬祖列島可能是鳳頭燕鷗繁殖分布的最北限，除了鳳頭燕鷗外，蒼燕鷗、白眉燕鷗也有類似的情形〈這三種燕鷗在日本的琉球群島雖然有繁殖報告，但只是零星的記錄〉。

黑嘴端鳳頭燕鷗與台灣沿海出現的稀有候鳥鳳頭燕鷗相似，但體型較小，體長約四十公分，嘴黃色但尖端黑色，因而得名。棲息於港灣、河口、島嶼附近，常單獨或成對飛行，食物為魚、蝦等，繁殖期間約在每年6月至8月，僅發現於中國大陸少數沿海地區。

黑嘴端鳳頭燕鷗是鷗科鳥類中最稀少的一種，它自1863年被人類命名以來，比較確定的觀察記錄只有五筆而已，被學者專家比喻為「神話之鳥」，並早就懷疑牠們已經絕種。西元2000年在馬祖列島燕鷗保護區裡發現了 四對，並成功繁殖下一代，揭開了自人類發現牠們近一百四十年來不為人知的神祕面紗，這是世界上第一次發現牠們的繁殖記錄，也證明了牠們還沒有在地球上消失，可見馬祖列島在鳥類地理分佈上有其特殊的重要地位。