以往曾有超過三千隻紅燕鷗棲息在保護區中的鐵尖繁殖,但近年來已不知原因地消失無蹤了。
紅燕鷗的嘴緣在非繁殖季節是黑色的,繁殖季開始會慢慢變紅。
蒼燕鷗與白眉燕鷗是受野生動物保育法保護的珍貴稀有保育類野生動物。蒼燕鷗除了背部有點淡灰色及腳黑嘴黑外,全身幾乎是白色的,而牠最明顯的特徵是後頭像是綁著一塊無色的三角頭巾,所以又有人叫牠們黑枕燕鷗。
保護區的每個島上幾乎都有牠們的蹤跡,但在總數量上,卻是保護區中最少的一種。蒼燕鷗喜歡停棲在靠近水面的礁石區,及在岸邊活動。
白眉燕鷗的特徵是牠白色的額頭與眉線,從正面看好像牠頭上帶著代表勝利的V字形花紋。
保護區的每個島上和蒼燕鷗一樣,也幾乎都有牠們的蹤跡,但在總數量上,卻是保護區中最多的一種。
紅燕鷗又稱為粉紅燕鷗,因為這種鳥繁殖期胸前及腹部的羽毛是淡粉紅色的。在繁殖季初期牠們的嘴是黑色的,之後會慢慢變成紅色。紅燕鷗在國內雖然未能受到法律的保護,但在國際上卻被認為是容易受威脅的保育類鳥類。
紅燕鷗每年來馬祖列島繁殖的族群數量極不穩定,根據調查民國八十六年紅燕鷗大都聚集在保護區中的鐵尖繁殖,估計數量超過3000隻,但民國八十七年以後,島上卻不再有紅燕鷗繁殖的紀錄。民國八十八年並未做詳細調查,只在保護區中的中島海域有2隻的觀察記錄;而民國八十九年則有較多的發現記錄,估計數量約有1000隻。其中保護區中的進嶼約有50隻;蛇山約800隻。
這二處在繁殖季初期皆有求偶交配行為,但後來卻都失蹤了。另保護區中的白廟,則約有200隻成功的進行繁殖。