鳳頭燕鷗是燕鷗屬鳥類中體型較大的一種，身長有45公分，牠最明顯的特徵就是頭部那可以豎起的黑色冠羽，像是一個時髦的龐克頭，是牠們最引人注目的地方。

鳳頭燕鷗在台灣主要為夏更侯鳥，基隆港、花蓮溪口、蘭陽溪口、八掌溪口等地都可發現其蹤跡但並沒有繁殖記錄，而離島的澎湖雖有繁殖記錄但數量並不多。馬祖列島可說是得天獨厚，因為馬祖列島可能是鳳頭燕鷗繁殖分布的最北限，除了鳳頭燕鷗外，蒼燕鷗、白眉燕鷗也有類似的情形〈這三種燕鷗在日本的琉球群島雖然有繁殖報告，但只是零星的記錄〉。

五月初，黑尾鷗開始求偶繁殖。黑尾鷗雌雄鳥羽色相似，但雌鳥體型比雄鳥小，雌雄成對之後，便開始交配並尋找築巢地點。築巢的階段，夫妻雙方都會撿拾乾草參與築巢得工作。

黑尾鷗通常會在陡峭岩壁上，選擇岩縫或小平台來築巢，以乾草堆砌成一個淺盤狀的巢。把巢築在陡峭岩壁上，可減少天敵的危害，來馬祖繁殖得鷗科鳥類中只有黑尾鷗有築巢行為。黑尾鷗一巢生三個蛋，孵蛋的任務由夫妻雙方輪流擔任。在孵蛋時期，通常沒有孵蛋的一方會外出覓食，或待在巢邊休息理毛，順便擔任警戒的任務。

五月中旬，其他種類的燕鷗，也陸陸續續來到保護區裡的無人島上，準備繁殖。這個時候，紅燕鷗和蒼燕鷗同時開始進行求偶儀式，使得看似荒蕪的無人小島，充滿了生機。通常燕鷗們一回到繁殖區便開始求偶配對。蒼燕鷗的雄鳥會以食物向雌鳥示好，證明自己是會捕魚的好爸爸，以求得雌窕的青睞。保護區裡其他種類的燕鷗也都有類似行為。配對後到生蛋這段期間，雄鳥必須看緊雌鳥，不然雌鳥可能會受到其他雄鳥食物的引誘而移情別戀。蒼燕鷗並不築巢，牠們直接將蛋產在平緩或有凹陷的岩石或礁岩上。

保護區裡其他種類的燕鷗也都是如此。蒼燕鷗一窩可生2至3顆蛋，蛋具有很好的保護色，通常在生第一個蛋以後，就會開始孵蛋。雖然牠們並不築巢，但為了防止蛋滾出巢外，在孵蛋期間，親鳥會在巢附近尋找小石頭，將小石頭慢慢往巢邊丟，然後堆在蛋的周圍，使中閒形成一個凹槽，如此便可以預防蛋滾到巢外。

紅燕鷗在求偶初期常可見三、四隻紅燕鷗在空中追逐。而紅燕鷗的雄鳥和蒼燕鷗一樣，也會叼著食物，翹著比其他燕鷗長的尾羽，展現出雄糾糾氣昂昂的姿態，想和雌鳥發展進一步的關係。成對之後牠們便雙宿雙飛，一同去覓食。有時雄鳥捕到食物會停同在水面上將食物交給雌鳥吃掉，然後才又一起去覓食。

六月初，在保護區裡的一些島上，鳳頭燕鷗和白眉燕鷗正在努力地繁殖下一代。鳳頭燕鷗喜歡一個挨著一個，有規則地將蛋下在比較空曠的地上，顯然有集體繁殖的習性。而在這麼密集的繁殖區裡，雖然沒有門牌，但牠們卻可很準確的找到屬於自己的蛋。

鳳頭燕鷗雖然喜好熱鬧成群繁殖，但卻常見牠們與左鄰右舍吵鬧不休，個個怒髮衝冠，以嘴當武器似的打來打去，目的當然是為了保護牠們的蛋及雛鳥。和鳳頭燕鷗在這個島上繁殖的白眉燕鷗，則選擇了較為茂密的短草坡地做為繁殖場所。

求偶季節除了跳求偶舞以外，白眉燕鷗的雄鳥也曾和其他雌鳥一樣，提供雌鳥食物，不過和其他燕鷗不一樣的是，雄鳥並不會把食物以嘴叼回來給雌鳥，而是以反芻方式提供雌鳥食物。

親鳥餵雛鳥時也是以同樣的方式。白眉燕鷗和鳳頭燕鷗一樣，也是一巢生一顆蛋，但牠們對築巢位置的選擇較保護區裡其他燕鷗謹慎，白眉燕鷗會尋找比較隱密的處所，通常是在草叢內或岩縫裡，在地上扒出一個凹洞，然後將蛋產在地上。