馬祖列島位於台灣的西北方，臨近中國大陸的福州，孤懸於閩江口外。

蔚藍的海洋，美麗的沙灘，花崗岩所形成的奇岩峭壁，造就了馬祖列島氣勢磅礡的自然景觀。其間也孕育了各式各樣的生物，而最引人注目的，莫過於每年夏天來馬祖繁衍下一代的鷗科鳥類了。

馬祖列島位於世界三大漁產之一，即舟山群島西南端一帶。漁場海底係我國大陸棚地，水淺而傾度緩慢平坦，又居暖寒海流南北相匯之銜，故漁場豐饒，海中資源可謂取之不竭，充份供應海鳥食物來源。

馬祖列島擁有36座島嶼，地質以花崗岩為主，大部份的島嶼面積狹小，又崎嶇不平，沒有淡水，不適合人類居住。以往因軍事的需要，有些島嶼常被國軍用來當做射擊訓練的目標。但隨著戰地政務的解除，這些無人島嶼也回歸自然，在沒有人為干擾的狀況下，大海中又有豐盛的食物來源，使得這些無人島嶼成為海鳥繁殖的最佳處所。

根據調查，估計每年總有上萬隻的鷗科鳥類前來這些無人島嶼繁衍下一代。

馬祖列島的野鳥基礎調查紀錄資料，在民國八十五年以前只有零星少數幾筆，自民國八十五年九月以後，才正式委請中華民國野鳥學會進行為期二年多的野外調查。

資料顯示，在保護區各島上棲息的鳥種有15科30種〈不含秋過境及冬候鳥，秋冬季風強勁，海浪洶湧，無法做海上調查〉其中以夏候鳥在島嶼上繁殖的燕鷗數量最多，根據老漁民的說法，其數量在50-70年代曾高達數萬隻，然因長期軍方砲擊及漁民濫拾鳥蛋
結果，致使島上海鳥數量遞減〈在莒光蛇山、東引雙子礁有白眉燕鷗大量死亡調查紀錄〉。

紀錄中在各列島上繁殖的鳥類計有白眉燕鷗、鳳頭燕鷗、紅燕鷗、蒼燕鷗、黑尾鷗、岩鷺、叉尾兩燕等七種，其中黑尾鷗繁殖紀錄為全國獨一無二、珍貴無比，此外更有稀有鳥類如紅喉潛鳥、大水雉鳥、穴鳥、短尾水雉鳥、丹氏鷺鶿、黑頸鷿鵜、海秋沙、唐白鷺等均有在島礁上停留的紀錄。

根據民國八十六年的調查，在列島繁殖的燕鷗群數量約在9000隻左右，其數量與密度不亞於澎湖貓嶼海鳥保護區，正因為如此豐富的自然資源，連江縣政府依據野生動物保育法第十條及同法施行細則第十二條主動積極規劃，民國八十八年十二月二十四日由主管機關行政院農業委員會（八八）農林字第八八○三一○六八號函，正式將東引鄉的雙子礁；北竿鄉的白廟、中島、鐵尖、三連嶼；南竿鄉的進嶼、瀏泉礁及莒光鄉的蛇山等八個無人島嶼公告為國家第十二處野生動物保護區─馬祖列島燕鷗保護區。

希望在建設地方與發展觀光之際，也能夠保護多樣與特殊的自然景觀。