六月初，鳳頭燕鷗和白眉燕鷗的蛋剛生下沒多久，黑尾鷗的蛋經過約四星期的孵化，已到了雛鳥破殼的時候了。

剛孵出的黑尾鷗雛鳥和小雞一樣，身上佈滿了絨毛，由於體溫調節的生理機能尚未發育完全，爸爸媽媽還是會和孵蛋時一樣，為牠們保護。保護區裡的其他四種燕鷗也都是如此。

多了幾隻肚子永遠填不飽的小嘴之後，不管大風大浪，爸爸媽媽都得外出捕食，除了填飽自己的肚子外，還必須帶食物回來給雛鳥。黑尾鷗和白眉燕鷗一樣，會先將食物消化一部份然後再反芻給雛鳥。

緊接著，蒼燕鷗的蛋經過三個星期的孵化，在六月中旬也孵出了雛鳥，剛孵出的雛鳥和蛋一樣具有很好的保護色。

通常爸爸媽媽會分工，一隻在家守護，另一隻則必須出外捕捉食物回來餵這些嗷嗷待哺的雛鳥，蒼燕鷗不像黑尾鷗和白眉燕鷗會反芻，而是將捕到的魚直接餵會給雛鳥。

六月底，鳳頭燕鷗的雛鳥也陸續破殼而出。雛鳥孵出後，牠的爸爸媽媽會帶著雛鳥慢慢地往外擴散。

但仍不改其喜好熱鬧的習性，因為雛鳥孵化的時間相當接近，他們又再度的聚集在一起，為了保護雛為，吵鬧的瘩行為會更加劇烈。

白眉燕鷗的雛鳥要到七月上旬才會孵出來，這並不是牠們孵化期較長的關係，而是牠們的生殖季節比較晚發生。

有了遮蔽，雛鳥甚至有了頑皮的本事，開始像小老鼠一樣，在草叢下到處躦動，害得每當爸爸媽媽要餵牠吃東西時，還得緊張地到處尋找。