黑嘴端鳳頭燕鷗是鷗科鳥類中最稀少的一種，它自1863年被人類命名以來，比較確定的觀察記錄只有五筆而已，目前就連牠們的外型、分佈地、繁殖地等都不得而知，所以也就格外的吸引學者專家想要對牠們一探究竟。

但想要看到牠們畢竟是件相當不容易的事，所以被學者專家比喻為「神話之鳥」，並早就懷疑牠們已經絕種。

而有關牠們最後一次比較確定的觀察記錄是在1937年，雖然往後於1980年7月在泰國，及1991年9月在中國大陸的黃河三角洲都傳聞有發現記錄，但都未被證實。

不過，幸運的是去年(2000年)在馬祖列島燕鷗保護區裡發現了 四對，並成功繁殖下一代，揭開了自人類發現牠們近一百四十年來不為人知的神祕面紗，這是世界上第一次發現牠們的繁殖記錄，也證明了牠們還沒有在地球上消失，由此可見馬祖列島在鳥類地理分佈上有其特殊 的重要地位。

黑尾鷗在台灣為不普遍的冬候鳥，但在馬祖列島最北的的東引鄉，幾乎整年都可以看見黑尾鷗的蹤跡，當地的居民和阿兵哥將黑尾鷗視為海鷗，並以牠們優雅的飛行姿態為圖騰，黑尾鷗可說是東引的象徵。

雖然在東引幾乎整年都可以看見黑尾鷗的蹤跡，但他們並不屬於當地的留鳥，而是分屬不同的族群，有渡冬的渡冬族群，有過境的族群，有夏天來繁殖的繁殖族群。

渡冬族群集中棲息於中柱港及北海坑道附近，數量約有三百隻，有成鳥也有未成年的亞成鳥。到了四月氣溫開始回暖時，上千隻過境族群則會在中柱港及外圍海域聚集 ，引鄉的海域提供了牠們最好及補充體力的場所，，這些過境的黑尾鷗族群，揭開了燕鷗來馬祖繁殖的序幕。

在東引停留一天或數天後，這些黑尾鷗會繼續牠們既定的行程，整個過境季節是很短暫的。緊接著到來的黑尾鷗，便屬於夏候鳥，他們來東引的主要目的，就是繁衍下一代。

在東引繁殖的燕尾鷗族群是國內唯一的，也是目前所知在世界上繁殖位置最南的族群。